另有一说，朱棣根本不是朱家血脉，而是遗元后代。蒙古《黄金史纲》中说大都城破时，元顺帝的妃子弘吉剌氏已经怀孕三个月，没有来得及逃出，躲在一个大瓮中避难。被明军搜出后被朱元璋纳为妃子，称为翁（瓮）氏。弘吉剌氏当时心想：“如果七个月后产子，则必然会被朱元璋当作野种所杀。如果分娩在10个月后则会被朱元璋当作他自己的亲儿子抚养。”于是向天祈祷再添三月孕期。果然怀孕13个月才分娩，产下一子，就是朱棣。当时朱元璋梦到东西二龙相斗，西龙被东龙打败。解梦的巫师告诉他这代表他的两个儿子争位。西龙是汉后的子孙，而东龙是翁妃的子孙。朱元璋听后认为翁妃来自蒙古，本属自己的敌人，让她的儿子继承大统不好，于是就把朱棣贬去边疆镇守。
然而《明史》上的说法，朱棣是朱元璋的正妻马氏所生，生于元末至正二十年。因为明初朱家皇室娶蒙古人为妃有很多。例如朱元璋就给自己的儿子秦王朱樉娶扩廓铁木尔的女儿为妻。可能朱棣的母亲早死，由马皇后代为抚养成人。至于这个蒙古皇妃是否以前属于元顺帝则大可存疑。如果朱棣真的是蒙古人，那么也就是说，历史上曾经统治中国差不多300年的明朝皇帝，其实从第三个皇帝起就已经是姓弘吉剌的蒙古人了。