1998年4月8日，大师率团从印度恭迎佛牙舍利莅台安奉；2001年10月前往美国纽约“9·11事件”地点，为罹难者祝祷；2002年元月与大陆有关方面达成佛指舍利来台协议，以“星云牵头，联合迎请，共同供奉，绝对安全”为原则，后组成“台湾佛教界恭迎佛指舍利委员会”，至西安法门寺迎请舍利莅台供奉三十七日；2003年7月，大师应邀至厦门南普陀寺参加“海峡两岸暨港澳佛教界为降伏‘非典’国泰民安世界和平祈福大法会”；同年11月，应邀参加“鉴真大师东渡成功一二五〇年纪念大会”；随后率领佛光山梵呗赞颂团，首度应邀至北京、上海演出；2004年2月，两岸佛教界共同组成“中华佛教音乐展演团”，至台、港地区，以及澳、美、加等地巡回展演；2006年3月，应邀到享有“千年学府”之誉的湖南长沙岳麓书院，讲说“中国文化与五乘佛法”，是为历史上第一位到此讲学的出家人。同年4月应邀出席于杭州举办之首届“世界佛教论坛”，并发表主题演说“如何建设和谐社会”，写下宗教和平交流新页。